清華系細(xì)胞大模型登Nature子刊！能對(duì)人類2萬(wàn)基因同時(shí)建模，代碼已開(kāi)源

十三 2024-06-08 14:43:54 來(lái)源：量子位

白交 發(fā)自 凹非寺
量子位 | 公眾號(hào) QbitAI

生命科學(xué)領(lǐng)域的基礎(chǔ)大模型來(lái)了！

來(lái)自清華、百圖生科的團(tuán)隊(duì)提出的單細(xì)胞基礎(chǔ)大模型scFoundation，登上Nature Methods。

該模型基于5000萬(wàn)人類單細(xì)胞測(cè)序的數(shù)據(jù)進(jìn)行訓(xùn)練，擁有1億參數(shù)，能夠同時(shí)處理約20000個(gè)基因。

團(tuán)隊(duì)在模型架構(gòu)上進(jìn)行了創(chuàng)新，相同參數(shù)量下計(jì)算時(shí)間是傳統(tǒng)Transformer架構(gòu)的3%左右。相關(guān)研究成果也被NeurIPS2024接收。

清華大學(xué)自動(dòng)化系博士研究生郝敏升為該論文的第一作者。清華大學(xué)張學(xué)工教授，馬劍竹教授，百圖生科宋樂(lè)教授為通訊作者。

作為基礎(chǔ)模型，它在細(xì)胞測(cè)序深度增強(qiáng)、細(xì)胞藥物響應(yīng)預(yù)測(cè)和細(xì)胞擾動(dòng)預(yù)測(cè)等下游任務(wù)中表現(xiàn)出卓越的性能提升，并為基因網(wǎng)絡(luò)推斷和轉(zhuǎn)錄因子識(shí)別提供了新的研究思路。

細(xì)胞基礎(chǔ)大模型登Nature子刊

通過(guò)在大規(guī)模語(yǔ)料庫(kù)上的訓(xùn)練，大模型才具備了基本的語(yǔ)言理解和識(shí)別能力。

在生命科學(xué)領(lǐng)域，細(xì)胞可以被視為擁有自身“語(yǔ)言”的基本結(jié)構(gòu)和功能單元，由DNA序列、蛋白質(zhì)和基因表達(dá)值等構(gòu)成無(wú)數(shù)“詞語(yǔ)”的“句子”。

那么隨之而來(lái)的問(wèn)題是：

能否基于大量細(xì)胞的“句子”來(lái)開(kāi)發(fā)細(xì)胞的基礎(chǔ)模型？

目前訓(xùn)練大規(guī)模單細(xì)胞數(shù)據(jù)主要存在以下三點(diǎn)挑戰(zhàn)：

1、基因表達(dá)預(yù)訓(xùn)練數(shù)據(jù)需要涵蓋不同狀態(tài)和類型的細(xì)胞景觀。然而目前大多數(shù)單細(xì)胞數(shù)據(jù)組織松散，全面完整的數(shù)據(jù)庫(kù)仍然缺失。

2、在訓(xùn)練過(guò)程中，傳統(tǒng)的transformer難以處理近20000個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因構(gòu)成的“句子”，這使得現(xiàn)有工作通常不得不將模型限制在一小部分預(yù)選的基因列表上。

3、 不同技術(shù)和實(shí)驗(yàn)室的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)在測(cè)序深度上存在差異，這妨礙了模型學(xué)習(xí)統(tǒng)一且有意義的細(xì)胞和基因表示。

針對(duì)這些問(wèn)題，研究團(tuán)隊(duì)首先收集了超過(guò)5000萬(wàn)個(gè)涵蓋各個(gè)器官、腫瘤和非腫瘤的大規(guī)模人類單細(xì)胞數(shù)據(jù)集用于訓(xùn)練。

與大型語(yǔ)言模型中的“詞-向量”轉(zhuǎn)換不同，scFoundation通過(guò)巧妙設(shè)計(jì)，將連續(xù)的基因表達(dá)值轉(zhuǎn)化為向量。

針對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)的高稀疏性以及零值和非零值所包含信息量的差異，研究團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)了一個(gè)非對(duì)稱編碼模塊。

該模塊在保持相同參數(shù)規(guī)模的情況下，所需的計(jì)算量?jī)H為傳統(tǒng)語(yǔ)言模型Transformer的3.4%。

此外，研究團(tuán)隊(duì)還提出了一種測(cè)序深度感知的預(yù)訓(xùn)練任務(wù)“read-depth-aware (RDA)”，能夠?qū)y(cè)序深度進(jìn)行降采樣，使得模型在預(yù)訓(xùn)練階段在完成傳統(tǒng)的掩膜恢復(fù)任務(wù)外，還能夠由低質(zhì)量細(xì)胞恢復(fù)高質(zhì)量細(xì)胞的基因表達(dá)信息。

△scFoundation模型及下游應(yīng)用場(chǎng)景

兩種應(yīng)用范式

scFoundation的應(yīng)用范式主要包括開(kāi)箱即用和微調(diào)兩種：

1. 從scFoundation得到表征，進(jìn)一步利用下游方法分析。
2. 訓(xùn)練scFoundation一層和針對(duì)各個(gè)任務(wù)的MLP頭，進(jìn)行標(biāo)簽預(yù)測(cè)。

在開(kāi)箱即用范式上，受益于RDA預(yù)訓(xùn)練任務(wù)，將scFoundation應(yīng)用于細(xì)胞測(cè)序深度增強(qiáng)任務(wù)，在不需要進(jìn)一步微調(diào)的情況下達(dá)到了比現(xiàn)有訓(xùn)練方法相當(dāng)甚至更好的效果。

此外，通過(guò)構(gòu)建模型預(yù)測(cè)細(xì)胞對(duì)癌癥藥物干預(yù)的反應(yīng)，對(duì)指導(dǎo)抗癌藥物的設(shè)計(jì)及理解癌癥的生物學(xué)機(jī)制至關(guān)重要。

基于scFoundation提取的Bulk基因表達(dá)數(shù)據(jù)，能夠預(yù)測(cè)藥物半最大抑制濃度IC50及單細(xì)胞水平的藥物敏感性，顯示出在幾乎所有藥物和癌癥類型上預(yù)測(cè)效果均有顯著提升。

而在細(xì)胞擾動(dòng)預(yù)測(cè)任務(wù)中，通過(guò)提取單個(gè)細(xì)胞的基因表征來(lái)構(gòu)建特定的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，scFoundation成功捕捉了不同條件下的細(xì)胞和基因表征，顯著提高了單/雙擾動(dòng)預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確度。

此外，基因表征還可用于構(gòu)建針對(duì)特定細(xì)胞類型的基因網(wǎng)絡(luò)。研究團(tuán)隊(duì)在T、B和Monocyte細(xì)胞類型中識(shí)別出了特異的基因模塊和轉(zhuǎn)錄因子。在微調(diào)應(yīng)用方面，scFoundation在細(xì)胞類型標(biāo)注任務(wù)中的效果遠(yuǎn)超傳統(tǒng)方法。

研究人員還進(jìn)行了豐富的消融實(shí)驗(yàn)，揭示了不同模塊設(shè)計(jì)對(duì)性能的影響，相關(guān)模型細(xì)節(jié)已在NeurIPS 2024的xTrimoGene模型中發(fā)表。

綜上所述，scFoundation模型為建立細(xì)胞預(yù)訓(xùn)練大模型的模型架構(gòu)、訓(xùn)練框架，和下游示范應(yīng)用體系都提供了新的思路和方法，為生物醫(yī)學(xué)任務(wù)的學(xué)習(xí)提供了基礎(chǔ)功能，拓展了單細(xì)胞領(lǐng)域基礎(chǔ)模型的邊界。

目前模型權(quán)重及代碼已開(kāi)源。同時(shí)為了減少計(jì)算負(fù)擔(dān)，支持更多用戶輕量使用，研究團(tuán)隊(duì)也提供了模型相應(yīng)的API，用戶可在線獲取scFoundation模型表征，支持CLI、Python SDK和網(wǎng)頁(yè)端調(diào)用。

論文鏈接
https://www.nature.com/articles/s41592-024-02305-7
https://papers.nips.cc/paper_files/paper/2023/file/db68f1c25678f72561ab7c97ce15d912-Paper-Conference.pdf
代碼權(quán)重開(kāi)源：https://github.com/biomap-research/scFoundation
https://aigp.biomap.com/models/1760957084760342530/1760957084772925441